Рассуждаете Вы правильно, более крупный альт должен звучать ниже. Он и звучит ниже. Ровно на чистую квинту. Проблема только в записи.
Здесь на форуме очень много написано о транспонирующих инструментах. Почитайте, и все поймете. Тема глубокая...
(не могу же я не ответить человеку, у которого ник начинается, как мое имя, а заканчивается, как мой ник)

